Fysiotherapeuten kunnen zich specialiseren. Zo zijn er manueeltherapeuten, kinderfysiotherapeuten, sportfysiotherapeuten, fysiotherapeuten voor ouderen(geriatriefysiotherapeuten), bekkenfysiotherapeuten, kinderbekkenfysiotherapeuten en arbeidsfysiotherapeuten.
Daarnaast zijn er fysiotherapeuten die zich hebben toegelegd op psychosomatische klachten zoals vermoeidheid of benauwdheid, op vochtophopingen/lymfologie, hart- en vaatziekten en klachten rond het kaakgewricht.